Un tratto caratteristico dei primi insediamenti neolitici era la scarsa attenzione ai defunti e alle tombe. Non sono stati rinvenuti corredi funebri, se non consistente in pochi oggetti di ceramica limitatamente a El Omari.
L’unico ritrovamento legato al culto che ha suscitato interesse nei ricercatori è collocato a circa 100 km da Abu Simbel, a Nabta Playa. Esso consiste in un circolo di pietre, disposte secondo la posizione del Sole durante il solstizio d’estate, e da rettilinei di pietre orientate verso determinate stelle, fra cui Orione e la Stella Polare.
In quella stessa zona sono state rinvenute collinette artificiali e altari: si trattava di un luogo cui facevano riferimento nel neolitico i vari gruppi di allevatori che si spostavano nella regione per la transumanza degli animali.
Solo intorno al 4600-4400 a.C. si sviluppò la cultura badariana e con essa un rudimentale culto dei morti. I villaggi, sorti lungo la riva orientale del Nilo, venivano abitati solo in alcuni periodi dell’anno. La cultura badariana si distingueva dalle precedenti per l’enorme importanza data al trapasso: sono giunti fino a noi intere aree adibite a luoghi di sepoltura.
La particolarità di questi cimiteri è la modalità di sepoltura: i defunti erano seppelliti in fosse ovali scavate nel terreno e i corpi erano adagiati su un fianco, avvolti in pelli e/o stuoie, la testa era sempre rivolta verso sud e il volto orientato a oriente.
Le sepolture erano corredate di oggetti, più o meno pregiati, a seconda del rango di appartenenza del defunto: questo ci suggerisce l’introduzione di una stratificazione sociale, finora assente nella società egizia neolitica. Questi corredi erano generalmente composti da recipienti ceramici, statuine di varia fattura, armi per la caccia e monili, oltre ad un viatico di cereali.
