Sotto l’influenza dei Sanniti la città di Pompei dovette ricevere un forte impulso urbanistico, intorno al V secolo a.C. possiamo infatti far risalire la costruzione di una nuova cinta muraria che doveva seguire sostanzialmente quella precedente fatta in “pappamonte” (un diverso tipo di tufo che cambia consistenza col passare degli anni). Ancora nel IV secolo il territorio a nord della Via dei Soprastanti e a est della Via Stabiana era scarsamente abitato, mentre nello stesso secolo una forte urbanizzazione interessò la zona a nord e ad est del Foro Civile di Pompei. Le case si dispongono secondo un accurato impianto urbanistico mediato probabilmente ai modelli greci, forse a Neapolis stessa. Sotto il profilo culturale i Sanniti subirono una profonda influenza greca, d’altronde mai venuta a mancare dal momento della fondazione delle colonie greche in Italia meridionale.
Con lo scoppio della Seconda Guerra Punica si vide gran parte della Campania schierata con Annibale, il quale si era proclamato liberatore delle popolazioni italiche dal gioco romano, quest’ultimi ormai egemoni già dalla fine delle Guerre Sannitiche (343-290 a.C.).
Pare quindi che nel III secolo a.C. Pompei non fosse una città particolarmente importante agli occhi dei romani, questo perché non subì particolari conseguenze della vittoria romana, che costò invece alle insorte Capua e a Nola la perdita delle ultime libertà, nonché il pesante controllo sulle attività politiche e commerciali.
Nondimeno, l’ottima posizione vicino al mare, sommata al dominio incontrastato di Roma sul mediterraneo, fecero ben presto fiorire le attività commerciali nella città, basate principalmente sull’esportazione di vino ed olio. Nel II secolo una delle conseguenze più evidenti fu un vero e proprio boom edilizio: tutti i principali edifici della città vennero ricostruiti, mentre ne sorsero di nuovi come il Tempio di Giove e la Basilica.
Pompei divenne ben presto una città molto ricca e lussuosa, anche per via del costante contatto con le influenze greche. Tutto questo lusso si manifesta ad esempio nelle sfarzose ville che costellano la città: ineguagliabili sono, ad esempio, la Casa del Fauno con i suoi 2940 metri quadrati di estensione, nonchè le forme ellenizzanti degli impianti architettonici del Foro Triangolare, oppure del Quadriportico.
Allo scoppio della guerra sociale (91-88 a.C.), Pompei si schierò con tutti quei municipia campani che volevano la piena cittadinanza romana insieme a tutti i diritti annessi. Silla, dopo aver distrutto e saccheggiato Stabia nel 89 a.C., si diresse verso Pompei, che nel frattempo aveva rinforzato il lato nord della cinta muraria facendo costruire delle torri difensive. A supporto della città giunse un contingente di soldati celti guidati da Lucius Cluentius, che si scontrò contro il dittatore romano senza ottenere vittoria. È probabile che nello stesso anno anche Pompei capitolasse senza però riportare, sembra, alcun danno sotto il profilo giuridico.